1556 wird als Gründungsjahr der bischöflichen Hofapotheke zu St. Afra angegeben. Immer befand sich die Hofapotheke inmitten der Bischofsstadt. Im 2. Weltkrieg wurde die Apotheke total zerstört. In unmittelbarer Nähe konnte sie 1956 wieder eröffnet werden. Bis Ende 2006 war Dr. Karl Müller Leiter der Apotheke. Seit 2007 wird sie von seinem Sohn Tobias Müller weitergeführt.

Seit dem Aufblühen der Homöopathie im 18. Jahrhundert durch Hahnemann wird diese Therapierichtung in der Hofapotheke durch Beratung und ein großes Lager an Homöopathika besonders gepflegt.

1966 wurde nach Erteilung einer Herstellungserlaubnis durch die Regierung von Schwaben die Firma Aframed – Pharmazeutische Präparate gegründet. Hier werden Fertigarzneimittel, die aus dem Fundus der Hofapotheke hervorgegangen sind, in größerem Umfang hergestellt.

2004 erhält die Hofapotheke die Erlaubnis als Versandapotheke.

Seit dem Jahr 2004 ist die Hofapotheke Barmer Hausapotheke.